Die klub is se eerste voorganger was SV Eintracht Garstedt, wat op 2 November1945, net na die Tweede Wêreldoorlog, opgerig is. In 1970 is die stad Norderstedt gestig met die samevoeging van verskeie dorpe en voorstede, onder meer Garstedt. 1. SC Norderstedt is op 1 Julie1972 gestig en SV Eintracht Garstedt is by die klub ingelyf. Teen die einde van 2003 het 1. SC Norderstedt se sokkerafdeling ontbind. Die sokkerspelers het toe 'n nuwe klub op die been gebring genaamd FC Eintracht Norderstedt.
Die klub het sy beste jare gedurende die 1980’s en 1990’s gehad, toe daar op die derde vlak in die Amateur oberliga en Regionalliga meegeding is. In 1993 het die klub verrassend die uitspeelwedstryde om promosie na die 2. Bundesliga gehaal, maar was onsuksesvol.