Des del 20 de juny de 2006 la província està organitzada en els següents municipis i districtes:[2]
Bohechío, districtes municipals: Arroyo Cano i Yaque
El Cercado, districtes municipals: Batista i Derrumbadero
Juan de Herrera, districtes municipals: Jinova i La Rubia
San Juan de la Maguana, districtes municipals: El Rosario, Guanito, Hato del Padre, La Jagua, Las Maguanas, Las Charcas de Maria Nova, Pedro Corto, Sabana Alta i Sabaneta.
Las Matas de Farfán, districtes municipals: Carrera de Yegua i Matayaya
Vallejuelo, districte municipal: Jorjillo
Llista dels municipis amb la seva població segons el cens de 2012:[3]
↑Oficina Nacional de Estadistica, Departamento de Cartografia, Division de Limites y Linderos. «Turismo Local en San Juan» (en castellà). Arxivat de l'original el 2007-03-14. [Consulta: 12 agost 2020].