Ingen kommuner ønskede at gå sammen med Farum kommune pga. Farum-sagen og Farums dårlige økonomi, men både Værløse og Farum var for små til at fortsætte alene, så de blev tvunget sammen af forligspartierne, dog med en økonomisk kompensation på 50 mio. kr. årligt frem til år 2021. Samtidig fik kommunen lov til at fastholde en høj skat for Farum-delen af den nye kommune, mens Værløse beholdt det hidtidige niveau. Denne forskel i beskatning ophørte efter 2014.
Det første byråd i Furesø Kommune havde 25 medlemmer, der blev valgt ved Kommunalvalget den 15. november 2005. I løbet af byrådsperioden blev det vedtaget at reducere antallet af byrådsmedlemmer til 21.
Den tidligere borgmester i Værløse Kommune, Jesper Bach (V), blev kommunens første borgmester. Han blev efter valget i 2009 afløst af Ole Bondo Christensen (A).