Matsuda spillede i hovedparten af sin karriere i Yokohama F. Marinos, hvor han opnåede 385 ligakampe i en femtenårig periode og var med til at sikre holdet tre nationale titler i J. League.
Han fik sin landsholdsdebut i 2000 og var det følgende år med til Confederations Cup 2001. Japan nåede med Matsuda i startopstillingen finalen, som dog blev tabt til Frankrig 0-1. Under VM i fodbold det følgende år var han igen fast mand i startopstillingen for sit hold, der denne gang blev elimineret i ottendedelsfinalen med 0-1 til Tyrkiet. Den tredje store turnering, han spillede, var OL 1996, hvor Japan ikke kvalificerede sig videre fra gruppespillet trods to sejre.
I 2011 skiftede han efter næsten tyve år i Yokohama til Matsumoto Yamaga FC. Her nåede han 15 kampe, inden han 2. august samme år kollapsede med hjertestop under opvarmningen til træningen i sin klub. To dage senere døde han som følge af hjertestoppet.