Guerreiro spillede hele sin ungdomskarriere og de første mange år på seniorplan i sit fødeland Frankrig, hvor han repræsenterede SM Caen og FC Lorient.[1] For sidstnævnte nåede han at spille mere end 100 ligakampe, før han i sommeren 2016 blev solgt til tyske Borussia Dortmund for en pris på ca. 12 millioner euro.[2]
I Dortmund etablerede Guerreiro sig hurtigt som en del af førsteholdet, og nåede i sin første sæson i klubben 24 Bundesliga-kampe. Han var samtidig med til at vinde DFB-Pokalen.