Ha sido internacional con la selección de fútbol de Sudáfrica en 23 ocasiones hasta el 5 de junio de 2010; lleva un gol con la selección.
Participó en la Copa de Oro de la Concacaf 2005 (Sudáfrica fue invitada) y fue incluido en la escuadra sudafricana que afrontó la Copa Mundial de Fútbol de 2010, realizada en su país. En el debut ante México, Thwala fue titular. Posteriormente, fue cambiado y no volvió a entrar al campo de juego en lo que restó del campeonato. Sudáfrica no pudo acceder a los octavos de final.