Los participantes de la Primera B jugaron entre abril y mediados de septiembre 20 fechas, primero se dividieron en 4 grupos de 4 donde jugaron 6 fechas, luego se dividieron en 2 grupos de 8 para jugar otras 14 fechas. Al término de esa fase los ocho primeros avanzaron a los cuadrangulares semifinales, compuestos por dos grupos de cuatro equipos cada uno, jugados entre septiembre y octubre. Los dos primeros de cada grupo avanzaron al cuadrangular final por el título del año y el ascenso a la Primera A para la temporada 2000.
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; DIF=Diferencia de gol