Ntaryamira oli etninen hutu, ja lähti monien muiden tavoin nuorena maanpakoon. Hän opiskeli maataloustiedettä ruandalaisessa yliopistossa. Ntaryamira palasi kotimaahansa 1983, ja oli lyhyen aikaa poliittisena vankina vuonna 1985 Jean-Baptiste Bagazan hallituskaudella.[3]