Vuoden 1970 kuntauudistuksen yhteydessä Frederikshavniin liitettiin aiemmat maalaiskunnat Flade-Gærum, Åsted-Skærum ja Elling sekä Hirsholmin saaret.[3] 1. tammikuuta 2007 Tanskan kuntauudistuksen yhteydessä Frederikshavn muodosti nykyisen Frederikshavnin kunnan yhdessä Skagenin ja Sæbyn silloisten kuntien kanssa.[4]