Michael Dougherty (s. 1974) on yhdysvaltalainen elokuvakäsikirjoittaja, joka tunnetaan erityisesti töistään yhdessä Dan Harrisin ja Bryan Singerin kanssa. Kolmikko on ollut tekemässä muun muassa elokuvia X-Men 2 ja Superman Returns. Vuonna 2007 Dougherty ja Harris palkittiin parhaan käsikirjoituksen Saturn-palkinnollaSuperman Returns -elokuvasta.