Piilohallintaohjelma on myös usein troijalainen, joka välitetään toisen ohjelmiston avulla asennettavaksi tai hyödyntämällä jotain tietoturva-aukkoa. Yleensä piilohallintaohjelmat pyrkivät tuhoamaan jäljet tartunnasta ja piilottamaan tietokoneella olevat vieraat prosessit tai verkkoyhteydet. Piilohallintaohjelmaan kuuluu usein etähallintamahdollisuus (takaovi).