Vuonna 1991 seuran peräsimeen tuli Volker Finke, jonka johdolla Freiburg nousi pääsarjaan kauden 1992/93 päätteeksi. Läpi 1990- ja 2000-luvun alun Freiburgin menestys vaihteli 1. ja 2. Bundesliigan välillä ja parhaimmillaan seura oli kolmas pääsarjatasolla.
16 vuotta seuraa luotsannut Finke jätti seuran kesällä 2007 ja hänen seuraajakseen palkattiin Robin Dutt.