Le joueur incarne le gouvernement d'un État du monde, mais contrairement à la plupart des jeux, EU2 ne se fonde pas sur un objectif final commun à toutes les nations mais laisse le joueur choisir ses objectifs de jeu en fonction de l'état joué, parmi une large palette de possibilités telles que la conquête militaire, la diplomatie, l'exploration et la colonisation de provinces libres.
Apports nouveaux
Par rapport à Europa Universalis, les concepteurs ont opéré plusieurs modifications :
période de jeu élargie allant désormais de 1419 à 1820 (1492-1792 pour le précédent opus)
ajout de plusieurs nouveaux territoires à conquérir/coloniser
possibilité de choisir toutes les nations du globe (et non uniquement les grandes puissances)
beaucoup plus de nations non-européennes
possibilité de conversion religieuse d'une province
les drapeaux ont été changés pour correspondre aux couleurs historiques