Xa dende os 14 anos comezou a ser un grande entusiasta dos ordenadores. Allen foi á Washington State University, pero deixouna dous anos máis tarde xunto con Bill Gates para perseguir o seu soño de escribir software comercial para os novos ordenadores persoais.
Microsoft
Xunto con Bill Gates fundou Microsoft (inicialmente "Micro Soft") en Albuquerque, Novo México, en 1975, e comezaron vendendo un intérprete da linguaxe de programación BASIC. Allen foi a punta de lanza dun trato de Microsoft para comprar un sistema operativo chamado QDOS por 50,000 $; non era esperable que sendo programadores pagasen por un sistema baseado na súa totalidade en terminais e comandos, mais con isto Microsoft gañou un contrato para subministrar o sistema operativo para os novos PC de IBM. Isto fixo que Microsoft tivera un remarcable crecemento.
Saída de Microsoft
Allen viuse obrigado a renunciar a Microsoft en 1983 despois de diagnosticárselle a enfermidade de Hodgkin, a cal superou despois de moitos meses de tratamento de radioterapia e un transplante de medula ósea.