Škocjanske jame su dospjele i na popis zaštićenih vodenih područja Ramsarske konvencije 1999. godine jer zajedno s rijekom Reka čini najveće podzemno vodeno područje u Europi. Rijeka Reka je zapravo Vela voda koja izvire u Hrvatskoj, na južnoj strani Snežnika, te kod Velike Doline (Škocjan) ponire u Škocjanske jame kroz koje teče 34 km te izvire ponovno u Italiji, blizu Monfalconea, gdje se kao rijeka Timavo ulijeva u Jadransko more.
Ono po čemu su Škocjanske jame jedinstvene od svih svjetskih špilja je upravo golemi kanjon rijeke koji je dug oko 3,5 km, širok od 10 do 60 metara, s najvećom visinom od 140 metara. Na nekim mjestima se širi u ogromne prostorije od kojih je najveća Martelova soba koja ima volumen od 2,2 milijuna m³, najveća u Europi i jedna od najvećih u svijetu. Zanimljivo je da ovaj ogromni podzemni kanjon ima veoma mali riječni ulaz zbog čega razina vode rijeke Reke može porasti za više od 100 metara.[2] Osobito je dojmljivo kako rijeka Reka u vrijeme kišne sezone ponire 160 metara u dubinu kod sela Škocjana.
Arheološka istraživanja su otkrila da su ljudi naseljavali ove špilje od Mezolitika, te tijekom Neolitika, Brončanog i Željeznog doba, sve do Antike i Srednjeg vijeka, tj. posljednjih 5,000 godina. Škocjanske jame nisu imale samo lokalnu vrijednost, nego i veliku vjersku vrijednost u prapovijesno doba kada je bilo osobito važno povezivati ovozemaljski s podzemnim, zagrobnim, životom. Također, prva istraživanja krškog krajolika su rađena upravo ovdje u 19. stoljeću, te odavde potječu i termini kao što su "krš" i "dolina", a koji su se uvriježili u geologiji.
Ovo područje je i dom mnogih rijetkih i ugroženih vrsta ptica i šišmiša, ali i rijetke špiljske životinje (npr. Čovječja ribica). Zbog neobičnih geomorfoloških u mikroklimatskih uvjeta ovdje se razvio jedinstven ekosustav u kojemu vidimo mješavinu sredozemnog, pri-sredozemnog, srednjoeuropskog i alpskog geografskog sustava.