La cronometro maschile Under-23 dei Campionati europei di ciclismo su strada 2016, ventesima edizione della prova, si disputò il 14 settembre 2016 su un percorso di 24,5 km con partenza e arrivo a Plumelec, in Francia. La medaglia d'oro fu appannaggio del tedesco Lennard Kämna, il quale completò il percorso con il tempo di 33'59"87, alla media di 43,256 km/h; l'argento andò all'italiano Filippo Ganna e bronzo al francese Rémi Cavagna.
Sul traguardo 50 ciclisti su 50 partenti, portarono a termine la competizione.