Il 6 aprile 1943, in un incontro tra amici nella casa di Lino Barsi, fu fondato il Goiás Esporte Clube. Nel 1973, la squadra fu promossa per la prima volta nella massima divisione del Campeonato Brasileiro.
Nel 1998, la squadra si è unita al Clube dos 13 (il Clube dos 13 è un'organizzazione composta dalle più grandi squadre del Brasile). Ha vinto il Campeonato Brasileiro Série B nel 1999 e nel 2012.