Le Nazioni Unite promossero un armistizio e la firma di un trattato di pace; Rahmon vinse le elezioni presidenziali del 1999 e l'IRP ottenne il 30% dei voti alle elezioni politiche diventando di fatto il secondo partito della Nazione.
La guerra civile in Tagikistan (in tagicoҶанги шаҳрвандии Тоҷикистон?, Çangi şahrvandiji Toçikiston) iniziò nel marzo del 1992 quando i gruppi etnici delle regioni del Garm e della Regione Autonoma di Gorno-Badachshan insorsero contro il presidente del Consiglio Supremo Emomalī Rahmon, che rappresentava le città di Chujand e Leninabad, ovverosia le regioni di Suǧd e Chatlon. Dal punto di vista politico, gli scontenti erano i liberaldemocratici riformisti[2] e gli islamisti; entrambi i movimenti si organizzarono per formare l'Opposizione Unita tagica[3].
Il presidente Rahmon, il leader dell'opposizione unita Sayid Abdulloh Nuri e il rappresentante speciale del segretario delle Nazioni Unite Gerd Merrem posero fine alla guerra civile firmando, il 27 giugno 1997, il "trattato sul mantenimento della pace e dell'accordo in Tagikistan" e il "protocollo di Mosca"[4].