Prima dell'inizio della stagione la società cambia denominazione da "Associazione Calcio Milan" a "Milan Associazione Calcio". Nella stagione 1962-1963 i principali rinforzi per i Campioni d'Italia in carica sono il difensore Víctor Benítez, proveniente dal Boca Juniors, il centrocampista Giuliano Fortunato, prelevato dal Vicenza, l'ala destra Bruno Mora, arrivato dalla Juventus in cambio di Sandro Salvadore e José Germano, attaccante brasiliano che verrà ceduto al Genoa dopo poche giornate.
Il campionato viene chiuso al terzo posto a 6 punti dall'Inter campione, mentre l'avventura in Coppa Italia termina agli ottavi di finale.
Vittorioso è, invece, il cammino in Coppa dei Campioni: nel primo turno il Lussemburgo viene sconfitto dai rossoneri con un complessivo 14-0 con Altafini che segna una cinquina nella gara d'andata (ancora al 2016 record di gol segnati in una sola partita di Coppa dei Campioni/Champions League). Agli ottavi il Milan affronta gli inglesi dell'Ipswich Town eliminati grazie a un 3-0 in casa e ad una sconfitta per 2-1 in trasferta. Nei quarti di finale e nelle semifinali arrivano i successi contro i turchi del Galatasaray e gli scozzesi del Dundee Football Club superati rispettivamente con risultati complessivi di 8-1 e 5-2. In finale l'avversario è il Benfica, già campione nelle due edizioni precedenti: allo Stadio di Wembley l'undici che scende in campo è formato da Ghezzi, David, Trebbi, Benítez, Maldini, Trapattoni, Sani, Rivera, Pivatelli, Altafini e Mora. I rossoneri chiudono il primo tempo in svantaggio per una rete segnata da Eusébio ma riescono a ribaltare le sorti dell'incontro nella ripresa con Altafini che sfrutta due assist di Rivera e batte due volte Costa Pereira. Cesare Maldini, con la fascia di capitano al braccio, può così alzare la prima Coppa dei Campioni della storia del club. Il Milan è la prima squadra italiana a conquistare l'Europa e la terza squadra in assoluto a sollevare il trofeo dopo le vittorie di Real Madrid e Benfica nelle prime sette edizioni.
Altafini è il primo giocatore rossonero a vincere la classifica marcatori di questo torneo, avendo segnato 14 reti. Tale numero rappresenta un primato per una singola edizione della competizione, ed è stato eguagliato da Ruud van Nistelrooy[3] nel 2002-03 e da Lionel Messi nel 2011-12.
^Ceduto nella sessione autunnale di calciomercato.
^Con il Milan giocò solo alcune partite a fine stagione tra maggio e giugno.
^Partita assegnata (0-2) a tavolino dal Giudice Sportivo, al minuto 61' David venne colpito da una bottiglietta lanciata dalle tribune. Sul campo terminata (2-1).
^Partita sospesa per nebbia al minuto al minuto 75' sul punteggio (0-0) e recuperata il 20 marzo 1963.
Bibliografia
Almanacco illustrato del Milan, 2ª ed., Panini, marzo 2005.
Almanacco illustrato del Milan, 1ª ed., Panini, 1999.