Figlio di un ingegnere afghano e di un'insegnante russa di francese, Khalili ha esordito in Coppa del Mondo il 10 gennaio 2020 a Oberhof (61º nella sprint) e ai campionati mondiali a Pokljuka 2021, dove ha vinto la medaglia di bronzo nella staffetta (suo primo podio in Coppa del Mondo), oltre ad essersi piazzato 64º nella sprint, 6º nell'individuale e 20º nella partenza in linea. Il 15 gennaio 2022 ha conquistato la prima vittoria in Coppa del Mondo nella staffetta di Ruhpolding e il successivo 20 gennaio anche il primo podio individuale piazzandosi 3º nell'individuale di Anterselva. Ha debuttato ai Giochi olimpici invernali a Pechino 2022 vincendo la medaglia di bronzo nella staffetta e posizionandosi 34º nell'individuale.