La sede della finale è stato l'Allianz Arena di Monaco di Baviera, anche se lo stadio è stato rinominato Fußball Arena München in quanto l'UEFA non consente la sponsorizzazione da parte di aziende che non sono tra i suoi partner organizzatori. Come parte di un processo iniziato nell'edizione 2009-10 dell'UEFA Europa League sono stati utilizzati due arbitri extra dietro le due porte in tutte le partite della competizione, a partire dal turno di qualificazione.
A questa edizione prendono parte 76 squadre di 52 delle 53 federazioni affiliate all'UEFA (è esclusa la federazione del Liechtenstein in quanto non organizza una competizione nazionale) secondo la seguente tabella:
Confermato anche per questa edizione il sistema di qualificazione alla fase a gironi basato sulle riforme introdotte dall'UEFA il 30 novembre 2007: un totale di 22 squadre hanno accesso diretto alla fase a gironi e per i preliminari, parallelamente ai tradizionali turni di qualificazione (ridenominati "Campioni" dal terzo turno in avanti) riservati alle squadre campioni dei Paesi dalla 13ª posizione in giù, due turni di qualificazione, denominati "Piazzati", vedono coinvolte le squadre non campioni dei 15 Paesi a più alto coefficiente.
Schema dei preliminari
Primo turno (4 squadre):
4 club campioni nazionali dai Paesi con posizione 50-53.
Secondo turno (34 squadre):
2 vincitori del primo turno;
32 club campioni nazionali dai Paesi con posizione 17-49 (escluso il Liechtenstein).
Terzo turno (20 squadre):
17 vincitori del secondo turno;
3 club campioni nazionali dai Paesi con posizione 14-16.
Terzo turno "Piazzati" (10 squadre):
1 club terzo nel campionato nazionale del Paese con posizione 6;
9 club secondi nel campionato nazionale dei Paesi con posizione 7-15.
Play-off "campioni" (10 squadre):
10 vincitori del terzo turno "Campioni" (i 10 sconfitti del terzo turno "Campioni" accedono al turno di spareggi dell'UEFA Europa League 2011-2012).
Play-off "Piazzati" (10 squadre):
5 vincitori del terzo turno "Piazzati" (i 5 sconfitti del terzo turno "Piazzati" accedono al turno di spareggi dell'UEFA Europa League 2011-2012);
3 club quarti nel campionato nazionale dei Paesi con posizione 1-3;
2 club terzi nel campionato nazionale dei Paesi con posizione 4-5.
Schema delle squadre qualificate
5 vincitori dei Play-off "Campioni" (i 5 sconfitti accedono alla fase a gironi dell'UEFA Europa League 2011-2012).
5 vincitori dei Play-off "Piazzati" (i 5 sconfitti accedono alla fase a gironi dell'UEFA Europa League 2011-2012).
3 club terzi nel campionato nazionale dei Paesi con posizione 1-3.
6 club secondi nel campionato nazionale dei Paesi con posizione 1-6.
13 club campioni nazionali dei Paesi con posizione 1-13.
Fase a gironi
Se due o più squadre di uno stesso gruppo si trovano a pari punti alla fine degli incontri della fase a gironi, sono applicati i seguenti criteri per stabilire la classifica del gruppo stesso:[3]
Maggior numero di punti ottenuti negli scontri diretti della fase a gironi (classifica avulsa);
Migliore differenza reti ottenuta negli scontri diretti della fase a gironi (classifica avulsa);
Maggior numero di reti segnate complessivamente durante gli scontri diretti della fase a gironi (classifica avulsa);
Maggior numero di reti segnate in trasferta durante gli scontri diretti della fase a gironi (classifica avulsa);
In caso di più squadre a pari punti, se utilizzando i criteri dall'1 al 4 due squadre sono ancora pari, questi criteri vengono riutilizzati considerando i soli incontri fra queste due;
Miglior differenza reti complessiva, considerando tutte le partite giocate nella fase a gironi;
Maggior numero di reti segnate complessivamente, considerando tutte le partite della fase a gironi;
Accederanno agli ottavi di finale le 16 squadre che concluderanno questa fase al primo e al secondo posto nel rispettivo gruppo. Le squadre classificatesi terze accederanno ai sedicesimi di finale dell'UEFA Europa League 2011-2012.
Fase a eliminazione diretta
Gli ottavi di finale, i quarti di finale e le semifinali si disputano con gare di andata e ritorno mentre la finale si disputa con partita unica. Tutti gli accoppiamenti del tabellone sono sorteggiati.
I club sono stati ordinati in base al loro coefficiente UEFA. Accanto ad ogni club è riportata la posizione in classifica nei loro rispettivi campionati.
(*) Campione in carica.
Per stabilire la composizione degli otto gruppi, le squadre qualificate sono state suddivise in quattro fasce in base al ranking UEFA2011.
In fase di sorteggio, ogni gruppo è stato formato da una testa di serie più altre tre squadre ciascuna appartenente a una fascia diversa (non potevano però essere sorteggiate nello stesso gruppo squadre provenienti dalla medesima nazione).
Il sorteggio degli Ottavi di finale si è svolto il 16 dicembre 2011 a Nyon presso la sede ufficiale dell'UEFA.[8] In fase di sorteggio sono state tenute presenti le seguenti regole:
Ogni squadra arrivata prima nel proprio gruppo gioca contro una squadra arrivata seconda e viceversa.
Squadre provenienti dallo stesso gruppo non possono affrontarsi.
Sorteggio dei quarti di finale, delle semifinali e della finale
L'esito del sorteggio (senza limitazioni) degli accoppiamenti per i quarti di finale e le semifinali e dell'ordine di abbinamento della finale è stato il seguente:
^In assenza del premio di miglior giocatore della UEFA Champions League, viene considerato per estensione il vincitore dell'UEFA Men's Player of the Year Award.
^Il Fenerbahçe, arrivato 1º in campionato, è stato escluso dall'UEFA dopo che la Federazione calcistica della Turchia ha stabilito l'inammissibilità del club a prendere parte alla competizione a causa dello scandalo sulle scommesse calcistiche in Turchia. Al suo posto è stato ripescato il Trabzonspor.
^Player Rater – Top Player – Didier Drogba, in UEFA.com, Union of European Football Associations. URL consultato il 19 maggio 2012 (archiviato dall'url originale il 22 maggio 2012).
^Player Rater – Top Player – Petr Čech, in UEFA.com, Union of European Football Associations. URL consultato il 19 maggio 2012 (archiviato dall'url originale il 6 gennaio 2014).