Sąjunga įkurta 1921 m. Būstinė įsikūrusi Taline. FIFA nare tapo 1923 m., tarybiniu laikotarpiu neveikė. Estijai atgavus nepriklausomybę nuo 1992 m. yra viena iš FIFA narių. Tais pačiais metais buvo priimta į UEFA.
Dabartinis federacijos prezidentas yra Aivar Pohlak.