1997 m. klubas nusipirko iš Lelle SK klubo licenciją žaisti aukščiausiojoje lygoje. Nuo to laiko žaidė elito lygoje, tačiau buvo iškirtęs į žemesnį divizioną.
2015 m. rungtyniavo Meistriliiga ir liko paskutiniai, dešimtoje vietoje ir prarado vietą elito divizione. 2016 m. laimėjo Esiliiga pirmenybes ir iškovojo teisę žaisti elito divizione. 2017 m. vėl rungtyniavo Meistriliiga.
2021 m.liepos 20 m. Estijos futbolo taurės turnyre šeįštos pakopos FC Lelle ekipą sutriuškino rezultatau 26:0.[1]