2012.—2013. gada Latvijas Kausa izcīņa futbolā sākās 2012. gada 3. jūnijā un noslēdzās ar finālspēli 2013. gada 18. maijā Skonto stadionā. Par kausa ieguvējiem kļuva FK Ventspils, kas papildlaikā pārspēja FK Liepājas Metalurgs futbolistus ar rezultātu 2:1 (1:1 — pamatlaikā).
Pirmā kārta
1. komanda
Rezultāts
2. komanda
FK Alberts
2–1 (aet)
Ludzas SK Latgols
JFK Saldus
0–1
Kuldīgas NSS
FK Valka
2–4
Rīnūži
FK Mērsrags
2–1
Tukuma Brāļi
Otrā kārta
Otrās kārtas spēles nebija, jo noteiktajā laikā bija pieteikušās tikai astoņas komandas, kas savstarpēji spēles izspēlēja pirmajā kārtā. Visas četras komandas, kas iekļuva otrajā kārtā, tika arī trešajā kārtā.