Baltijas Futbola līgas 2009./2010. gadu sezona bija trešā Baltijas Futbola līgas sezona. Tajā piedalījās 16 komandas - pa piecām no Latvijas un Igaunijas un sešas no Lietuvas, jo tieši lietuviešu FBK Kaunas iepriekšējā sezonā kļuva par līgas čempioni. Atšķirībā no iepriekšējās sezonas, šajā sezonā netika izspēlēti grupu turnīri, tādējādi turnīram bija kausa izcīņas princips. Katrā kārtā komandas tikās divas reizes.