Gēnu ontoloģija

Gēnu ontoloģija (GO) ir bioinformātikas iniciatīva ar mērķi apvienot gēnu un gēnu produktu modeļus visās sugās, uzturot un attīstot gan saistīto terminoloģiju, gan digitālos rīkus šīs informācijas pieejamībai.^[1] GO ir daļa no plašākas iniciatīvas, proti, Atvērtās bioloģiskās un biomedicīniskās ontoloģijas (angļu: Open Biological and Biomedical Ontologies), kas atbalsta ontoloģiju izveidi bioloģijas un medicīnas jomās.

Atšķirībā no gēnu nomenklatūras, kas tiecas veidot gēnu un gēnu produktu uzskaitījumu, GO šo uzskaitījumu paplašina ar gēnu un gēnu produktu īpašībām. Papildus tam, GO arī izmanto iezīmēšanas valodu, lai padarītu datus mašīnlasāmus, turklāt vienotā veidā visiem bioloģiskajiem taksoniem.

GO ir organizēts trīs kategorijās pēc termina bioloģiskās nozīmes: molekulārā funkcija, šūnu sastāvdaļa un bioloģiskais process. Šīs trīs GO kategorijas ir nav savienotas, kas nozīmē, ka to terminiem nav savstarpējas attiecības (izņemot piederības norādījumus, tādus kā "ir daļa no...").

GO ir strukturēts kā grafs, kurā katrs GO termins ir punkts (virsotne) un attiecības starp tiem ir šķautnes. Tam ir hierarhiska struktūra, taču katrai vienībai var būt vairāk nekā viena virsvienība. Piemēram, terminam "heksozes biosintētiskais process" (kas ir daļa no GO bioloģiskā procesa kategorijas) ir divas virsvienības, proti, "heksozes metabolisma process" un "monosaharīdu biosintētiskais process". Tas atspoguļo faktu, ka biosintētiskais process ir vielmaiņas procesa apakštips, bet heksoze ir monosaharīda apakštips.^[2]

• AmiGO — oficiālais Gēnu ontoloģijas datubāzes pārlūks
• Gēnu ontoloģijas konsorcijs — oficiālā vietne
• Atvērtās bioloģiskās un biomedicīniskās ontoloģijas asociācija — oficiālā vietne