Kluba vēsture tiek saistīta ar 1907. gadā dibināto Arminia Neuhaus. Klubs vairākkārt apvienojies un mainījis nosaukumus. Pašreizējais klubs ar nosaukumu TuS Paderborn/Neuhaus izveidots 1985. gadā, apvienojoties TuS Schloß Neuhaus un FC Paderborn. Pašreizējo nosaukumu klubs ieguva 1997. gadā.[2] Pirmo reizi Bundeslīgā iekļuva 2014. gadā, taču debijas sezonā ieņēma pēdējo vietu un augstāko līgu atstāja. 2019. gadā ieguva 2. vietu 2. Bundeslīgā un atgriezās Vācijas futbola augstākajā līmenī, bet tajā atkal ieņēma pēdējo vietu un izkrita uz 2. Bundeslīgu.