Нинбург бил првпат споменат во патувачките записи од 961. Средновековниот центар на градот е заземен со бенедитанскиот манастир, Опатија Нинбург, подоцна претворен во замок, неодамна уништен од пожар. Црквата на манастирот, преку 1000 години стара, била осветена во 1004 и е убаво зачувана до ден денес.
Во 1623, во текот на Триесетгодишната војна, дел од градот бил уништен. Во 1825, бил изграден мал висечки мост над реката Зале, но поради непредвидените вибрации, се урнал во текот на отворањето, предизвикувајќи стотици жртви.
