Pohja kwam in totaal vijftien keer uit voor de nationale ploeg van Finland in de periode 1996–2008. Hij maakte zijn debuut onder leiding van bondscoach Richard Møller-Nielsen op 30 oktober1996 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd in Kotka tegen Estland, net als Juha Riippa, Toni Tervonen en Ville Nylund. Hij viel in dat duel na 32 minuten in voor Jari Vanhala en bepaalde in de 88ste minuut de eindstand op 2-2.