Numancia werd opgericht op 9 april 1945. Lange tijd speelde Numancia in de Tercera División, maar in de jaren negentig maakte de club progressie. Numancia speelde gedurende drie periodes, in 1999-2001, 2004-2005 en 2008-2009 zelfs in de Primera División. Alleen tijdens het eerste seizoen op het hoogste niveau kon het behoud met een zeventiende plaats verzekerd worden. Vanaf 2009 tem 2020 vertoefde de ploeg in de Segunda División A, maar op het einde van het seizoen 2019-2020 degradeerde het team. Zou kwam het vanaf 2020-2021 in de Segunda División B terecht. Dit was van 1996-1997 geleden of met andere woorden het team was 23 jaar in het professionele voetbal actief geweest. Na het tussenseizoen 2020-2021 kwam de ploeg zelfs in de Segunda División RFEF, oftewel het vierde niveau van het Spaans voetbal terecht. Het eerste seizoen 2021-2022 werd de ploeg kampioen en speelt vanaf seizoen 2022-2023 op het niveau van de Primera División RFEF.