Auer was een van de eerste skeletonracers die actief waren sinds de oprichting van de wereldbeker. Hij werd in het eerste wereldbekerseizoen derde. De jaren nadien behaalde hij vijf keer goud, twee keer zilver en nog tweemaal brons. Hij behaalde ook negen wereldbekerzeges tussen 1990 en 1996.
Ondanks dat zijn carrière er eigenlijk al opzat nam hij in 2002 deel aan de Olympische Winterspelen waar het onderdeel skeleton na lange tijd opnieuw werd ingevoerd. Hij werd twaalfde op een deelnemersveld van 26 skeletonracers.