De club werd in 1898 opgericht. Er lagen enkele namen op de tafel voor de club: Rowan Star, Cultra United, Queen's Rovers, Mervue Wanderers en Lilliputians. Thomas Wade die in het opstartende comité zat vond echter dat de club een naam moest aannemen die internationale uitstraling had en zo werd Crusaders gekozen naar de christelijke kruisvaarders uit de Middeleeuwen.
In de jaren 20 diende de club meermaals een aanvraag in voor de hoogste klasse maar die werd telkens afgewezen. Het bestuur van de club raakte zo gefrustreerd dat eraan gedacht werd om een aanvraag in Ierland of Schotland in te dienen.
Na de dramatische terugtrekking van Belfast Celtic in 1949 werd de club eindelijk toegelaten tot de eerste klasse. De eerste titel volgde in 1973. Er volgden nog 5 titels waarvan de laatste in 2016 behaald werd. In 2005 degradeerde de club voor de eerste keer, het verblijf in de 2de klasse werd echter maar tot 1 seizoen beperkt.