Jota begon met voetballen bij Gondomar SC, dat hij in 2013 verliet voor de jeugd van Paços de Ferreira. Hier werd hij aan het begin van het seizoen 2014/15 bij de selectie van het eerste elftal gehaald. Hij debuteerde op 20 februari 2016 voor Paços in de Primeira Liga, tegen Vitória SC.[2] Jota maakte op 17 mei 2015 zijn eerste twee competitiedoelpunten in het betaald voetbal, in een duel tegen Académica Coimbra.[3] Hij kwam dat seizoen tot tien competitiewedstrijden. Gedurende het seizoen 2015/16 speelde hij vervolgens meer dan dertig wedstrijden en scoorde hij twaalf keer.
Jota tekende in juli 2016 een contract tot medio 2021 bij Atlético Madrid.[4] Dat betaalde circa 7 miljoen euro voor hem aan Paços de Ferreira.[5] Hij speelde nooit voor de Spaanse club. Die verhuurde hem namelijk gedurende het seizoen 2016/17 aan FC Porto en gedurende 2017/18 aan Wolverhampton Wanderers. De 'Wolves' namen Jota in juli 2018 vervolgens definitief over van Atlético Madrid, dat 14 miljoen euro voor hem ontving. Jota tekende een contract tot 30 juni 2022. Hij maakte op 19 januari 2019 een hattrick voor Wolverhampton Wanderers, tijdens een 4–3 zege tegen Leicester City. Hij werd daarmee de tweede Portugees die erin slaagde om een hattrick te scoren in de Premier League, na Cristiano Ronaldo.[6] Op 19 september 2020 tekende Diogo Jota voor Liverpool en verkreeg shirtnummer 20.