Juodeikis speelde twee interlands voor de Litouwse nationale ploeg gespeeld, maar scoorde daarin niet. Hij maakte zijn debuut als invaller op 16 augustus1998 in de vriendschappelijke oefenwedstrijd tegen Moldavië (1-1). Zijn tweede en laatste optreden volgde exact twee jaar later in Viseu tegen Portugal (5-1 nederlaag).