Matthew Wilson kende eind jaren 90 al successen in zijn vaderland waar hij uitkwam voor de nationale ploeg. In 1999 werd de Ziekte van Hodgkin bij hem geconstateerd. Nadat hij hersteld was van kanker werd Wilson op voorspraak van landgenoot en topsprinter Baden Cooke opgenomen in de ploeg Mercury-Viatel.
In 2004 werd Wilson nationaal kampioen op de weg en in 2007 won hij een etappe en het eindklassement van de Herald Sun Tour. Hij stopte met koersen op 19 augustus 2012 na de Vattenfall Cyclassics.