Nonda begon als voetballer in de jeugd van TP Mazembe in 1990. Daarna ging hij spelen voor Young Africans, een van de grootste clubs uit Tanzania. De volgende tussenstop was het Zuid-Afrikaanse Vaal Professionals. In 1995 was het FC Zürich dat Nonda naar Europa haalde. Daar werd hij in het seizoen 1997-98 uitgeroepen tot Beste buitenlander in Zwitserse competitie.
In 1998 vertrok de spits naar Frankrijk, waar hij speelde voor Stade Rennais en AS Monaco. Bij beide clubs was Nonda een vaste waarde. In 2001 won Nonda de Coupe de la Ligue met AS Monaco en in 2004 haalde hij met dezelfde club de finale van de UEFA Champions League, waarin FC Porto echter met 3-0 te sterk was. In 2001 werd Shabani Nonda met 26 doelpunten topscorer van de Ligue 1. In 2005 tekende Nonda een contract bij AS Roma, maar daar werd hij nooit een vaste waarde.
Sinds september 2007 speelde Nonda voor het Turkse Galatasaray. Tijdens de winter transferperiode van het seizoen 2009/2010 werd Nonda's contract door Galatasaray ontbonden omdat Giovani Dos Santos werd gehuurd van Tottenham Hotspur FC. Nonda raakte daardoor clubloos en eindigde zijn carrière.
Burundi
