De club werd in 1995 opgericht als tweede team (B-team) van FC Santa Coloma en speelde tot en met het seizoen 2007/08 in de Lliga de Segona Divisió. Nadat het team dat seizoen kampioen werd en als B-team niet kon promoveren werd het team in een eigen club ondergebracht en mocht het zodoende alsnog promoveren naar de Primera Divisió. Inmiddels speelt het B-team van UE Santa Coloma ook in de Lliga de Segona Divisió.
Bij de tiende deelname aan een Europees seizoen boekte Santa Coloma in het seizoen 2024/25 voor het eerst een resultaat door de return tegen KF Ballkani, na strafschoppen, te winnen.