Klub powstał 21 sierpnia1925 roku. Kiedy utworzono holenderską profesjonalną ligę w 1954 roku, FC Emmen pozostało klubem amatorskim. Dopiero w 1985 roku zespół przystąpił do profesjonalnych rozgrywek. Amatorska sekcja pozostała pod nazwą FC Emmen, podczas gdy profesjonalnej nadano nową nazwę BVO Emmen (Betaald Voetbal Organisatie, czyli profesjonalna organizacja piłkarska). W 2005 roku klub powrócił do nazwy FC Emmen z dwóch powodów. Po pierwsze, uważano, że nowa nazwa lepiej odzwierciedli historię klubu, a po drugie, z powodu dużych nieporozumień, gdyż uważano, że skrót BVO jest podobny do np. PSV, RBC czy ADO.