Na stanowisku premiera zastąpił Ałmazbeka Atambajewa, gdy ten podał się do dymisji. Ajdaralijew pełnił urząd tymczasowo, do czasu wyborów parlamentarnych 16 grudnia 2007 i wyłonienia w ich następstwie nowego gabinetu. Wcześniej, Ajdaralijew pełnił funkcję pierwszego wicepremiera w rządzie premiera Atambajewa. Był także gubernatorem obwodu dżalalabadzkiego. Iskenderbek Ajdaralijew jest członkiem Socjaldemokratycznej Partii Kirgistanu.
24 grudnia 2007, w następstwie wyborów parlamentarnych, na stanowisku premiera zastąpił go Igor Czudinow. Ajdaralijew w rządzie Czudinowa objął stanowisko pierwszego wicepremiera.