Skoko zaczynał karierę w North Geelong Warriors. Jego następnym klubem był chorwacki Hajduk Split. W 1999 roku wyjechał do belgijskiego klubu, KRC Genk. W zespole tym największym sukcesem Skoko było zdobycie mistrzostwa Belgii w sezonie 2001/02. W 2003 roku wyjechał z Belgii i trafił do Turcji – za 1,35 mln euro zakupił go Gençlerbirliği SK, z którym grał m.in. w Pucharze UEFA. W 2005 roku na zasadzie wolnego transferu trafił do beniaminka Premiership, Wigan Athletic. Jednak w tym klubie nie wywalczył miejsca w składzie, toteż w styczniu 2006 trafił na wypożyczenie do klubu z Football League Championship, Stoke City. W sezonie 2006/07 grał w pierwszej jedenastce Wigan, ale już w kolejnym był rezerwowym. Latem 2008 wrócił do Chorwacji i ponownie został zawodnikiem Hajduka Split. Jego zawodnikiem był do roku 2010. Następnie występował w Melbourne Heart, gdzie w 2011 roku zakończył karierę.
