O time foi fundado com o objetivo de preencher o vazio deixado pelo Cleveland City Stars, que após ser extinto em 2009, Cleveland ficou sem times de futebol. O clube foi anunciado como franquia de expansão no dia 11 de novembro de 2011. Na sua primeira temporada, em 2012, a equipe perdeu na final da conferência para o Madison 56ers. Em 2013 é eliminado nos playoffs para o Detroit City FC. No ano de 2014 pela primeira vez a equipe não passa para os playoffs. Em 2015 é eliminado pelo Indiana Fire. No ano seguinte a equipe vence na final o Sonoma County Sol por 4x2 e ganha seu primeiro título da NPSL.
Clássicos
Rust Belt Derby
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O Rust Belt Derby é um clássico entre AFC Cleveland , Detroit City FC e o FC Buffalo. Os clássicos nos Estados Unidos tem formato de copa e o maior vencedor do clássico do ano recebe uma taça, por isso mesmo tento três times é considerado um clássico.[2]