Prințul Napoléon Charles a servit în armata franceză. A devenit al 5-lea Prinț de Canino și Musignano la 19 noiembrie 1895 în urma decesului fratelui său, Prințul Lucien. Vărul său Roland Bonaparte i-a succedat ca al 6-lea Prinț de Canino și Musignano însă nu și-a asumat titlul.
S-a căsătorit la 25 noiembrie 1859 cu Christine Ruspoli (1842–1907), fiica Prințului Giovanni Ruspoli. Împreună au avut trei fiice:
Joseph Lucien, Prinț de Canino și Musignano • Prințesa Alexandrine • Cardinalul Lucien Louis, Prinț de Canino și Musignano • Julie, marchiză de Roccagiovine • Charlotte, Contesă Pietro Primoli di Foglia • Prințesa Léonie • Marie Desirée, Contesă Paolo Campello della Spina • Augusta, Prințesă Placido Gabrielli • Napoléon Charles, Prinț de Canino și Musignano • Bathile, Contesă de Cambacérès • Prințesa Albertine • Prințul Charles • Edmond Raymer Bonaparte II • Roland, Prinț de Canino și Musignano • Jeanne, marchiză de Villeneuve-Escaplon • Napoléon Eugène, Prinț Imperial al Franței • Prințul Jérôme Napoléon • Prințul Charles Joseph • Victor, Prinț Napoléon • Prințul Napoléon Louis • Marie Letizia, Ducesă de Aosta • William Charles Bonaparte-Wyse • Laetitia Marie Wyse Bonaparte • Lucien Napoléon Bonaparte-Wyse
Generația 4
Prințesa Mary, Mrs. Enrico Gotti • Eugénie, Prințesa de La Moskowa • Marie, Prințesă George al Greciei și Danemarcei • Louise Eugenie, Contesă Adam de Moltke-Huitfeld • Prințul Jérôme Napoléon • Marie Clotilde, Contesă Serge de Witt • Louis, Prinț Napoléon • Andrew Nicholas Bonaparte-Wyse