Зелендол находится на второстепенной дороге № 106, проходящей в Софию из Республики Македонии. София в 97 км, Благоевград в 4,3 км к востоку, а граница с Республикой Македонией в 26 км от села. Неподалёку сёла: Болгарчево и Покровник. В сторону Благоевграда, в 1,5 км восточнее села, протекает река Струма.