Ян Томайко начал профессиональную карьеру в родном городе Оломоуце. В 1997 году подписал контракт с хоккейным клубом «Всетин», в составе которого стал трёхкратным чемпионом страны. За сборную Чехии дважды играл на чемпионатах мира 2000 и 2001 года. Летом 2001 года перешёл в пражскую «Спарту». Спустя три сезона Ян присоединился к клубу «Били Тигржи». С 2007 по 2009 год Томайко выступал за клуб «Кладно». В ноябре 2009 года провёл 2 матча в экстралиге за «Комету» из Брно, после чего вернулся в родной «Оломоуц». В 2010 году завершил карьеру игрока и стал помощником главного тренера «Оломоуца».
Достижения
Чемпион мира 2000 и 2001
Чемпион Чехии 1998, 1999, 2001, 2002
Серебряный призёр чемпионата Чехии 2000
Бронзовый призёр чемпионата Чехии 2003, 2004, 2005, 2007
Статистика
Экстралига — 484 игры, 213 очков (90 шайб + 123 передачи)