Mužská dvojhra na Brasil Open 2006 sa hrala ako súčasť Brasil Open 2006 od 20. do 27. februára 2006. Titul získal Čiľan Nicolás Massú, ktorý vo finále porazil Španiela Martína 6-3 6-4. Bol to jeho šiesty titul v dvojhre na okruhu ATP.