Prve zbirke so nastale že v okviru narodopisnega oddelka Kranjskega deželnega muzeja in so leta 1888, ko je bila zbirka prvič predstavljena javnosti, obsegale le skromen slovenski del, obsežnejši pa je bil neevropski del, za katerega so darovali predmete misijonarji Friderik Baraga, Ignacij Knoblehar, Franc Pirc, Janez Čebulj in pomorščaki.
Zametek samostojnega etnografskega muzeja je bila ustanovitev Etnografskega inštituta v stavbi Narodnega muzeja leta 1921. Upravnik inštituta in nato ravnatelj Kraljevega etnografskega muzeja, ki je nastal leta 1923 z ločitvijo od Narodnega muzeja Slovenije, je bil Niko Županič, prvi kustos od leta 1924 Stanko Vurnik. Leta 1941 se je muzej preimenoval v Etnografski muzej.
Po 2. svetovni vojni
Po vojni so terenske ekipe sistematično preučevale in dokumentirale gradivo o ljudski kulturi in življenju Slovencev na podeželju. Leta 1964 se je muzej še zadnjič preimenoval v Slovenski etnografski muzej. Zaradi pomanjkanja prostorov za stalno razstavo je bila temeljna usmeritev muzeja pripravljanje občasnih tematskih razstav. Posamezne zbirke so bile razstavljene v gradovih v okolici Ljubljane.
Leta 1997 se je po dolgoletnih prizadevanjih za lastne prostore preselil v nekdanjo vojašnicoJLA na Metelkovi ulici. Leta 2004 je muzej pridobil novo razstavno hišo in tudi preurejen zunanji muzejski prostor. Obnovo so zasnovali v biroju Groleger Arhitekti.
Vilko Novak, Niko Kuret (1988) • Angelos Baš, Marija Makarovič, Zmaga Kumer, Pomorski muzej Piran (1989) • Milko Matičetov, Milan Dolenc, Fanči Šarf (1991) • Pavle Zablatnik, Anka Novak, Karla Oder, Vito Hazler, Aleš in Stanka Gačnik (1993) • Tone Cevc (1994) • Slavko Kremenšek (1995) • Mirko Ramovš (1996) • Ivan Sedej (1997) • Gorazd Makarovič (1998) • Božidar Jezernik, Marija Klobčar (1999) • Mojca Šifrer Bulovec, Tanja Roženbergar Šega, Vito Hazler (2000) • Martina Repinc (2001) • Andrej Dular (2002) • Irena Destovnik (2003) • Brigita Rajšter (2004) • Zmago Šmitek (2005) • Igor Cvetko (2008) • Jerneja Ferlež (2009) • Slovenski etnografski muzej, Jana Mlakar Adamič (2010) • Marjetka Balkovec Debevec (2011) • Alenka Černelič Krošelj, Martina Piko-Rustia, Tita Porenta, Miran Puconja, Ivanka Počkar, Špela Pahor (2012) • Ivica Križ, Daša Koprivec, Muzej Ribnica (2013) • Polona Sketelj (2014) • Inštitut za slovensko kulturo, Špeter (2015) • Karla Kofol (2016) • Božidar Premrl (2017) • Jernej Mlekuž (2018) • Bojan Knific (2019) • ni bilo podeljeno (2020) • Katja Hrobat Virloget (2021) • Ana Vrtovec Beno, Srečko Ocvirk, Mojca Sešlar, Lidija Udovč, Božena Hostnik, Stanka Glogovič, Aleš Vene in Nives Slemenšek (2022) • ni bilo podeljeno (2023)
Murkova listina
Ada Bar Janša (1994) • Zvezdana Koželj, Majda Fister, Inja Smerdel (1995) • Meta Sterle, Franc Žerdoner, Turistično društvo »Kolovrat« Lig, Branko Žnidarčič (1996) • Irena Keršič, Iva Stiplovšek (1997) • Janja Žagar (1998) • Vaško turistično etnološko društvo Hrovača (2003) • Vesna Guštin Grilanc (2005) • Etnografsko društvo Orači Okič (2006) • Društvo Baška dediščina (2007) • Zavod lončarska vas Filovci (2008) • Društvo za ohranjanje kulturne dediščine aleksandrink (2009) • Etnološko društvo Srečno in Jože Hribar, Kulturno turistično društvo Lokovec (2010) • Matija Murko - vnuk Matije Murka, Primož Hieng (2011) • Sekcija »Ohranimo Robidišče« - Kulturno društvo Stol Breginj, Družina Mazora, Miro Slana, Marko Smole in družina Smole, Stanko Košir, Dom, Novi Matajur (2012) • Rokodelski center DUO Veržej (2013) • Milan Vogel (2014) • Janez Medvešek, Sekcija za turizem - Kulturno-turistično društvo Zarja Bilje (2015) • Matevž Oman iz Stražišča, družina Kaker (2016) • Kulturno društvo Kapele, Nužej Tolmaier (2017) • Anica in Zvone Petje - Časarov mlin (2018) • Danijel Cvetko in Kulturno, etnološko in turistično društvo Josipdol, Iztok Ilich (2019) • Matjaž Brojan, Društvo Pevska skupina Cintare (2020) • Marta Repanšek in Alojzij Repanšek, Društvo rokodelcev - Rokodelski center Moravče (2021) • Anuša Babuder (2022) • Marko Kumer, Zora Slivnik Pavlin ter Ivanka Skubic in Janez Skubic (2023)