Marijampolė City grundades 2018 som barn och ungdomar fotbollsakademi under namnet Suvalkijos jaunimo futbolo klubo akademija (FA Suvalkija).
2022 såsong
I början av 2022 skedde en sammanslagning av FK Šilas och fotbollsakademin Marijampolė City. Under omorganisationen av klubben togs ett beslut att ändra namnet på Pirma lyga-herrfotbollslaget "Šilas" till "Marijampolė City" och att överföra laget till Marijampolė.
Klubben ansökte till det litauiska fotbollsförbundet (LFF) med en begäran om att byta namn och logotyp, och exekutivkommitténs beslut beviljades.
Det nya klubbnamnet och logotypen kommer att användas från starten av omgång 6 i Pirma lyga och från starten av den första omgången av Hegelmann LFF Cupen.[1]