Farkosten lämnade rymdstationen den 28 december 2017 och brann som planerat upp i jordens atmosfär några timmar senare.
Pirs
Man planerade att använda Progress MS-6 för att plocka bort den ryska Pirs modulen från rymdstationen, Pirs måste tas bort för att ge plats åt den ryska Nauka modulen. Då uppskjutningen av Nauka, blivit framflyttad flera gången, kommer denna manöver genomföras av en annan Progress farkost[2].