Roman Weidenfeller gjorde sin professionella debut 1997, efter att ha belönats The Best Goalkeeper Award vid U-17 VM 1997. Under sina unga år spelade han för Sportfreunde Eisbachtal.
Kaiserslautern
1998 överfördes Weidenfeller till 1. FC Kaiserslauterns juniorlag där han spelade 40 matcher på två säsonger. Han blev därefter uppflyttad till A-laget men gjorde bara sex ligamatcher på två säsonger.
Borussia Dortmund
Weidenfeller flyttade till Borussia Dortmund2002 på fri transfer som möjlig ersättare till Jens Lehmann, som flyttade till Arsenal2003. Weidenfeller hade, enligt uppgift, varit olycklig i 1. FC Kaiserslautern, där han främst använts som avbytare till Georg Koch. Debuten för Borussia Dortmund inträffade den 17 december2003 mot hans gamla klubb, FC Kaiserslautern, i en 1-0-förlust. Han blev kallad till VM-truppen 2014 i Brasilien, där han blev andramålvakt. Efter 16 säsonger och 349 matcher för Borussia Dortmund meddelande Weindenfaller 2018 att han lägger skorna på hyllan efter säsongen.