Bruce startade sin tränarkarriär som spelande tränare i Sheffield United säsongen 1998-1999. 2001 tog han över tränarrollen i Birmingham City. Han var kvar i klubben till vintern 2007 då han tog över Wigan Athletic. Den 3 juni 2009 blev det klart att Bruce skulle träna Sunderland. Hans kontrakt med Sunderland var på tre år, men på grund av uteblivna resultat sparkades han under säsongen 2011/2012.